Lire un scanner avec Luminor

2Prise en main

Démarrer Luminor

1. Ouvrez une fenêtre PowerShell dans le dossier Claude-Radio.
2. Lancez .\start.ps1. Le script utilise l’environnement Anaconda DICOM s’il existe, démarre le serveur sur le port 8770 et ouvre votre navigateur au bout de deux secondes.
3. Gardez la fenêtre PowerShell ouverte pendant votre travail. La fermer arrête Luminor.

Luminor fonctionne à l’adresse http://127.0.0.1:8770/ dans Chrome, Edge, Safari ou Firefox. Options :

Ouvrir une série

La bibliothèque, à gauche, liste toutes les séries du dossier de données. Cliquez sur une ligne pour l’ouvrir. Luminor lit d’abord les fichiers DICOM (quelques secondes), puis charge le volume dans le navigateur. Une carte de progression affiche les deux étapes.

• Le champ Rechercher une série filtre par identifiant de série. Saisissez n’importe quelle partie de l’identifiant.
• Toutes · Cancer · Sans cancer filtre selon l’étiquette du jeu de données. Les lignes portent une pastille rouge Cancer ou grise Négatif.
• Le nombre d’images s’affiche dès que les dossiers ont été comptés. En attendant, la ligne indique Comptage….
• Au démarrage suivant, Luminor rouvre la dernière série consultée.
• Les examens à plusieurs séries (reconstructions osseuse et tissus mous, série coronale, séquences d’IRM…) affichent une barre de séries au-dessus des images : ‹ Précédente et Suivante › (ou P / N) passent d’une série à l’autre, la liste déroulante permet d’aller directement à l’une d’elles, et le compteur indique la position (par exemple 2 / 3). Luminor conserve la même position anatomique lors du changement, ou la coupe la plus proche si l’autre série ne la couvre pas.
• Luminor affiche les volumes de scanner et d’IRM (y compris le DICOM compressé et l’IRM multi-images) et les images 2D : images et boucles d’échographie, captures d’écran, topogrammes. Les images 2D s’affichent une par une avec les mêmes outils (défilement, zoom, luminosité/contraste, mesures), sans reconstructions, coupes épaisses ni repères d’orientation. Les longueurs sont en mm si l’image est calibrée, sinon en pixels.
• Les comptes rendus PDF de l’examen apparaissent sous forme de boutons Compte rendu (PDF) dans la barre de séries et s’ouvrent dans un nouvel onglet.

Changer de dossier d’images

Le haut de la bibliothèque indique le dossier d’images actuel. Pour ouvrir un autre dossier d’images médicales à tout moment :

1. Cliquez sur Changer… à côté du nom du dossier.
2. Cliquez sur Parcourir… pour choisir un dossier avec le sélecteur de Windows, ou collez son chemin (Explorateur de fichiers → clic droit sur le dossier → Copier en tant que chemin d’accès), puis cliquez sur Ouvrir le dossier.
3. Luminor vérifie que le dossier contient des séries DICOM, ferme les examens ouverts, recharge la bibliothèque et ouvre la première série.

Choisissez le dossier dans lequel chaque sous-dossier est une série de fichiers .dcm. Si vous choisissez un dossier de série, Luminor ouvre son dossier parent. Un fichier CSV d’étiquettes placé dans le dossier ou juste au-dessus est pris en compte automatiquement. Vos fichiers DICOM sont seulement lus, jamais modifiés.

Images sur Google Drive

Vous pouvez aussi coller le lien d’un dossier Google Drive (par exemple https://drive.google.com/drive/folders/…) dans le même champ, puis cliquer sur Ouvrir le dossier. Le dossier doit être partagé avec « Tous les utilisateurs disposant du lien ». Luminor le télécharge, avec ses sous-dossiers, sur cet ordinateur en affichant la progression, puis l’ouvre. Les fichiers déjà téléchargés sont conservés : rouvrir le même lien est rapide. Fermer la fenêtre arrête le téléchargement.

Langue de l’interface

Le bouton FR / EN (avec un globe) de la barre d’outils fait passer toute l’interface du français à l’anglais et inversement, sans recharger l’examen : libellés, aide, observations, projet de compte rendu et informations affichées sur l’image. Luminor mémorise votre choix ; au premier lancement, il suit la langue du navigateur.

En français, Luminor applique les conventions habituelles : unités UH, virgule décimale (90,9 mm), fenêtre notée C (centre) et L (largeur), repères D/G (droite/gauche). Les noms donnés aux observations restent tels que vous les avez saisis.

3L’interface

• 1Bibliothèque : liste des séries, recherche, filtre par étiquette et bouton de comparaison.
• 2Barre d’outils : disposition, plan, outils, ciné, aide, affichage des panneaux.
• 3Visionneuse : une à trois vues d’image. La vue active a un contour bleu.
• 4Surimpression : plan, numéro d’image, position, fenêtre, coupe épaisse, UH et zoom.
• 5Barre d’état : UH, voxel et coordonnées patient sous le curseur.
• 6Inspecteur : fenêtre, coupe épaisse, ciné, observations et informations de la série.

La barre d’outils

Lire les informations à l’écran

4Défilement et ciné

Le défilement de la pile d’images est au cœur de la lecture d’un scanner. Il est donc toujours affecté à la molette, quel que soit l’outil sélectionné.

Réglez la vitesse du ciné (2 à 40 images par seconde) avec le curseur Vitesse de la carte Ciné de l’inspecteur. Le ciné et le clavier agissent sur la vue active : celle qui se trouve sous la souris, entourée de bleu.

5Fenêtrage

Une image de scanner contient bien plus de niveaux de gris qu’un écran ne peut en afficher. La fenêtre choisit la plage d’unités Hounsfield affichée : le centre (niveau) fixe le gris moyen et la largeur règle le contraste.

Préréglages

Les touches 1 à 5 fonctionnent aussi sur un clavier AZERTY, avec ou sans Maj, ainsi que sur le pavé numérique.

Réglage libre

• Clic droit glissé sur n’importe quelle image, quel que soit l’outil. Glissez à gauche ou à droite pour rétrécir ou élargir la fenêtre. Glissez vers le bas ou vers le haut pour monter ou baisser le niveau : l’image s’assombrit quand vous descendez. La sensibilité s’adapte à la largeur courante, ce qui facilite les réglages fins dans les fenêtres étroites.
• Ou sélectionnez l’outil Fenêtrage (W) et utilisez le bouton gauche.
• Ou saisissez des valeurs précises dans Centre et Largeur dans l’inspecteur.
• I inverse les niveaux de gris.

La fenêtre s’applique à toutes les vues, y compris l’examen de comparaison : les deux sont toujours affichés de la même façon.

6MPR et réticule

Les reconstructions multiplanaires (MPR) recalculent des images coronales et sagittales à partir de la pile axiale, avec des proportions physiques exactes et la tête en haut.

1. Choisissez MPR dans le sélecteur de disposition, ou appuyez sur L.
2. Sélectionnez l’outil Réticule (X). Cliquez ou glissez dans une vue pour placer le réticule. Les deux autres vues se placent sur ce point.
3. Faites défiler une vue. La ligne correspondante se déplace dans les deux autres.
4. Double-cliquez sur une vue pour l’agrandir. Double-cliquez à nouveau pour revenir aux trois vues.

Les lignes du réticule prennent la couleur du plan qu’elles représentent : bleu pour l’axial, vert pour le coronal, orange pour le sagittal.

Zoom et déplacement

• Ctrl + molette (ou le pincement sur un pavé tactile) zoome autour de la position de la souris, de 25 % à 1200 %.
• Le clic central glissé déplace l’image, quel que soit l’outil. Les outils Déplacer (H) et Zoom (Z) font de même avec le bouton gauche.
• R réinitialise le zoom et le déplacement.

7Mesures

Mesure de densité

Survolez n’importe quelle image. La surimpression (en bas à gauche) et la barre d’état indiquent la densité en UH du voxel, ses indices et ses coordonnées patient en millimètres (convention LPS : +X vers la gauche du patient, +Y vers l’arrière, +Z vers le haut). La mesure lit toujours le voxel d’origine, même quand une coupe épaisse est affichée.

Distance

1. Sélectionnez Distance (M).
2. Glissez d’un bord à l’autre de la structure. La distance en millimètres s’actualise pendant le tracé.
3. Relâchez pour l’enregistrer comme observation.

Les distances tiennent compte de la taille réelle des pixels du plan. Elles restent donc exactes sur les reconstructions coronales et sagittales, où l’espacement des coupes diffère de la taille des pixels.

ROI elliptique

1. Sélectionnez ROI elliptique (E).
2. Tracez le rectangle englobant de l’ellipse sur la région.
3. Relâchez. Luminor affiche la moyenne ± écart-type, le minimum / maximum en UH et la surface.

Repères

Appuyez sur B (ou sur le bouton Repère) pour poser un repère à la position du réticule. Il enregistre la densité en UH en ce point. C’est pratique pour signaler une lésion à revoir.

Sélectionner et supprimer

Les mesures n’apparaissent que sur l’image où elles ont été tracées. Cliquez sur une mesure (avec l’outil réticule, distance ou ellipse) pour la sélectionner : elle devient bleu clair. Suppr efface l’observation sélectionnée ; Échap la désélectionne ou annule un tracé en cours.

8MIP et coupes épaisses

Une coupe épaisse combine plusieurs images voisines en une seule, centrée sur l’image courante. Choisissez le mode dans la carte Coupe épaisse de l’inspecteur, ou appuyez sur T pour passer d’un mode à l’autre.

Réglez l’épaisseur de 2 à 40 mm avec le curseur ou avec + / −. La surimpression indique l’épaisseur réellement utilisée, arrondie à un nombre entier de coupes. Les coupes épaisses fonctionnent dans tous les plans et dans toutes les vues.

9Comparaison

1. Dans la bibliothèque, survolez la série à comparer et cliquez sur le bouton ⧉ de sa ligne.
2. Luminor passe en disposition Comparaison. L’examen de comparaison s’ouvre à la même hauteur relative dans le corps que votre image courante.
3. Faites défiler l’une ou l’autre vue. Tant que Synchronisé est actif, l’autre suit de la même distance en millimètres, même si les deux examens n’ont pas le même espacement de coupes. Le zoom et le déplacement sont aussi reproduits.

Aligner deux examens

Un patient n’est jamais positionné deux fois exactement de la même façon. Alignez donc une fois les examens sur un repère anatomique (par exemple la carène ou une lésion) :

1. Appuyez sur K pour désynchroniser.
2. Amenez chaque vue sur le même repère.
3. Appuyez de nouveau sur K. Luminor enregistre le décalage entre les deux examens, qui défilent désormais ensemble à des niveaux correspondants.

Changer de plan recentre l’examen de comparaison : réalignez après être passé de l’axial au coronal ou au sagittal. Les mesures et les repères se font sur l’examen courant (vue de gauche).

10Observations et compte rendu

Gérer les observations

• Renommer : cliquez sur le nom, saisissez-en un nouveau (par exemple « Nodule LSD ») et appuyez sur Entrée. Le nom s’affiche aussi sur l’image.
• Y aller : cliquez sur une observation pour afficher directement son image. Le réticule se centre dessus et Luminor change de plan si nécessaire.
• Supprimer : survolez l’observation et cliquez sur l’icône de corbeille, ou sélectionnez-la et appuyez sur Suppr.
• Les observations sont enregistrées automatiquement sur votre ordinateur, un fichier par série dans Claude-Radio/data/findings/. Elles réapparaissent quand vous rouvrez la série.

Projet de compte rendu

Cliquez sur Compte rendu dans la carte Observations. Luminor rédige un projet comprenant les informations de la série, une ligne de technique, la liste numérotée de vos observations avec valeurs et localisations, et une section Conclusion vide. Le projet est rédigé dans la langue de l’interface. Complétez vous-même le temps d’injection, le protocole et la conclusion. Cliquez ensuite sur Copier pour le coller dans votre compte rendu, ou sur Télécharger .md pour l’enregistrer (fichier compte-rendu_….md).

Images clés

Image clé enregistre la vue active au format PNG, avec les mesures, les informations affichées, les repères d’orientation et la mention « usage recherche uniquement ». Le nom du fichier contient la série, le plan et le numéro d’image, par exemple key-image_0015ceb8_axial_98.png.

11Une routine de lecture

Une routine systématique proposée pour un scanner thoracique, à adapter à votre pratique.

1. Poumons : appuyez sur 1, faites défiler de l’apex à la base, puis recommencez avec une MIP de 10 mm (T) pour les nodules. Utilisez la MinIP pour les voies aériennes.
2. Médiastin : appuyez sur 2. Examinez le cœur, les gros vaisseaux, l’œsophage et les aires ganglionnaires. Mesurez les ganglions selon leur petit axe (M).
3. Os : appuyez sur 3. Lisez le rachis en sagittal (S), le sternum et les côtes en axial et en coronal.
4. Étage abdominal supérieur : appuyez sur 4 pour le foie, puis examinez les surrénales, les reins et la rate.
5. Caractériser : confirmez chaque anomalie en MPR, mesurez-la et placez des ROI pour en vérifier la densité (graisse, liquide, tissu, calcium).
6. Comparer : ouvrez l’examen antérieur, alignez-le et déterminez si les lésions sont nouvelles, stables ou modifiées.
7. Rédiger : nommez vos observations, enregistrez les images clés, puis ouvrez Compte rendu et complétez la conclusion.

12Clavier et souris

Appuyez sur ? (ou /) dans Luminor pour afficher cette liste. Les raccourcis sont ignorés pendant la saisie dans un champ de texte : cliquez sur une image pour revenir à la visionneuse.

13Valeurs de référence en UH

Valeurs habituelles sans injection de produit de contraste, données à titre indicatif pour la mesure de densité et la ROI. Elles varient selon l’appareil, le protocole, l’injection et le bruit.

14Dépannage

15Confidentialité et limites

• Fonctionnement local. Le serveur n’accepte que les connexions de cet ordinateur (127.0.0.1). Les images et les observations n’en sortent jamais. La seule requête externe concerne la police Inter, chargée depuis Google Fonts ; sans connexion internet, Luminor utilise la police du système.
• Pas d’usage diagnostique. Luminor n’a été ni validé ni certifié comme dispositif médical. Utilisez-le pour la recherche, l’enseignement et l’exploration.
• Données. Luminor lit des séries de scanner stockées sous forme de dossiers de fichiers DICOM. Il ne se connecte pas à un PACS et ne prend pas en charge les formats multi-images ou compressés que pydicom ne sait pas décoder.
• Géométrie. Les reconstructions supposent une acquisition axiale standard avec des coupes régulièrement espacées, ce qui est le cas d’un scanner thoracique courant. Vérifiez les repères d’orientation sur les séries inhabituelles.
• Comptes rendus. Le projet de compte rendu ne reprend que ce que vous avez mesuré. Le contexte clinique, les détails techniques et la conclusion restent toujours à votre charge.