Visionneuse de scanner open source

Pensée pour la façon dont les radiologues lisent.

Luminor met à portée de touche les sept gestes que le radiologue répète toute la journée : défiler, fenêtrer, reconstruire, mesurer, projeter, comparer et rédiger. Rapide, local et reposant pour les yeux.

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Luminor avec la bibliothèque de séries, une coupe axiale de scanner thoracique en fenêtre pulmonaire et l’inspecteur

Sept fonctions. Une routine de lecture.

Un radiologue lit de 40 à 80 scanners par jour, et une poignée de gestes représente l’essentiel de ce travail. Luminor a été conçu à partir de cette routine, en commençant par ce dont le radiologue a le plus besoin.

01Défilement et cinéParcourez des centaines d’images, ou lisez-les comme un film. 02FenêtragePoumon, médiastin, os, foie, cerveau : une touche chacun. 03MPRAxial, coronal et sagittal reliés par un même réticule. 04MesuresDensité en UH, distances en mm, statistiques de ROI. 05MIP et coupes épaissesMIP, MinIP et moyenne de 2 à 40 mm. 06ComparaisonExamen actuel et antérieur côte à côte, synchronisés en millimètres. 07Observations et compte renduObservations nommées, images clés et projet de compte rendu.
01 · Défilement et ciné

Lire, c’est défiler.

En salle de lecture : l’essentiel du temps du radiologue passe à faire défiler la pile d’images, en suivant un vaisseau, une bronche ou un nodule d’image en image. Si le défilement est lent, le reste ne compte plus.

  • La molette fait toujours défiler, quel que soit l’outil actif. Maj avance de cinq images.
  • Ciné de 2 à 40 images par seconde avec Espace.
  • Numéro d’image et position de la coupe en millimètres toujours affichés.
MoletteImage précédente / suivante Maj+ molette : cinq images Page ↑↓Dix images Origine / FinPremière / dernière image EspaceLecture / pause du ciné
02 · Fenêtrage

Chaque tissu à une touche.

En salle de lecture : chaque scanner est lu au moins trois fois, en fenêtres pulmonaire, tissus mous et osseuse, et la fenêtre est ajustée des dizaines de fois par examen.

  • Clic droit glissé n’importe où pour régler la fenêtre, quel que soit l’outil.
  • Préréglages sur 1–5 : poumon, médiastin, os, foie, cerveau, y compris sur clavier AZERTY.
  • Saisie exacte du centre et de la largeur ; inversion avec I.
1Poumon · C −600 / L 1500 2Médiastin · C 40 / L 400 3Os · C 400 / L 1800 4Foie · C 60 / L 160 5Cerveau · C 40 / L 80
03 · Reconstructions multiplanaires

Trois plans, un seul point.

En salle de lecture : une anomalie se confirme, se mesure et se localise sur les plans coronal et sagittal, pas seulement en axial.

  • Plans coronal et sagittal reconstruits avec leurs vraies proportions, la tête en haut.
  • Un clic avec le réticule place les trois plans sur le même point.
  • Plans repérés par couleur ; repères d’orientation D/G, A/P, S/I calculés à partir des balises DICOM.
Disposition MPR avec les vues axiale, coronale et sagittale et un réticule coloré
04 · Mesures

Des valeurs prêtes pour le compte rendu.

En salle de lecture : la taille d’un nodule conditionne la surveillance, et la densité d’une lésion distingue kyste, graisse, tissu ou calcium.

  • Densité en UH en direct sous le curseur, avec les coordonnées patient.
  • Distances en millimètres selon la taille réelle des pixels, y compris sur les reconstructions.
  • ROI elliptique : moyenne ± écart-type, min / max et surface, calculés sur les images d’origine.
Largeur cardiaque mesurée, ROI elliptique avec statistiques en UH et repère sur un corps vertébral
05 · MIP et coupes épaisses

Voir le nodule, pas le vaisseau.

En salle de lecture : la MIP fait ressortir les petits nodules par rapport aux vaisseaux ; la MinIP met en évidence les voies aériennes et l’emphysème.

  • MIP, MinIP et moyenne de 2 à 40 mm, dans tous les plans.
  • Changement de mode avec T ; épaisseur avec + / −.
  • Les mesures lisent toujours les voxels d’origine, jamais la projection.
MIPNodules, vaisseaux, calcifications MinIPVoies aériennes, emphysème, piégeage Moy.Moins de bruit sur les coupes fines TNon → MIP → MinIP → Moy.
06 · Comparaison

Nouveau, stable ou évolutif ?

En salle de lecture : pour un scanner de suivi, la question essentielle est l’évolution par rapport à l’examen antérieur.

  • Deux examens côte à côte avec la même fenêtre.
  • Défilement synchronisé en millimètres, même avec des espacements de coupe différents ; zoom et déplacement reproduits.
  • Alignement unique sur un repère anatomique avec K, puis lecture conjointe.
Deux scanners thoraciques côte à côte en disposition Comparaison
07 · Observations et compte rendu

De la lecture au compte rendu.

En salle de lecture : chaque anomalie doit avoir un nom, une valeur et une localisation qu’un confrère ou une RCP puisse retrouver.

  • Mesures et repères deviennent des observations nommées, enregistrées automatiquement.
  • Un clic ramène à n’importe quelle observation, dans le bon plan.
  • Projet de compte rendu en Markdown et images clés annotées en PNG.
Liste d’observations : ROI cardiaque, largeur cardiaque et corps vertébral

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Luminor se compose d’un petit serveur Python et d’une application web. Tout fonctionne sur votre ordinateur.

1 · Installer

Python 3.10 ou plus récent, avec NumPy et pydicom.

git clone https://github.com/dhnguyends/luminor-dicom.git
cd luminor-dicom
pip install -r requirements.txt
2 · Indiquer vos examens

Un dossier contenant un sous-dossier de fichiers .dcm par série de scanner.

python server.py --data /chemin/vers/series
3 · Lire

Ouvrez la visionneuse dans Chrome, Edge, Safari ou Firefox, puis appuyez sur ? pour les raccourcis.

http://127.0.0.1:8770/

Données d’exemple. Luminor a été développé avec des scanners thoraciques du Kaggle Data Science Bowl 2017. Ces données ne sont pas incluses : téléchargez-les depuis la page des données du concours (compte Kaggle et acceptation du règlement du concours requis), puis lancez python server.py --data stage1 --labels stage1_labels.csv.

Documentation

Un guide illustré de chaque fonction, avec une routine de lecture, des valeurs de référence en UH et une aide au dépannage.

FrançaisGuide utilisateurLire un scanner avec Luminor, pas à pas. EnglishUser GuideReading CT with Luminor, step by step. Code sourceGitHubCode, architecture et API dans le README.
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Usage réservé à la recherche et à l’enseignement. Luminor n’est pas un dispositif médical certifié et ne doit pas servir à des décisions diagnostiques ou thérapeutiques.